En la época Precolombina el territorio que actualmente corresponde al cantón de Naranjo, estuvo habitado por indígenas del llamado Reino Huetar de Occidente, que en los inicios de la conquista fue dominio del cacique Garavito.
El primer colonizador que llegó a la región en 1833, fue don Judas Tadeo Sáenz; quien dos años después obtuvo título de propiedad de los terrenos que había presentado formal denuncio, en el sitio que él denominó Los Naranjos, en Poás, jurisdicción de Alajuela. En ese mismo año don Judas se radicó junto con su primera esposa doña Candelaria Barrantes, en lo que hay es el barrio Bajo Corrales, en la ciudad de Naranjo.
Posteriormente, se construyó una ermita. En 1869 don Manuel Mora y Fernández donó dos manzanas de terreno, una para la construcción de la iglesia y la otra para una plaza pública. En la administración de don Próspero Fernández Oreamuno, el 29 de julio de 1882, en decreto ejecutivo No. 55, se le otorgó el título de villa a la aldea del Naranjo de Grecia. En el siglo pasado, el 24 de julio de 1918, en el gobierno de don Federico Tinoco Granados, se promulgó la Ley No. 28 que le confirió a la villa, la categoría de Ciudad.
Durante el episcopado de monseñor don Bernardo Augusto Thiel Hoffman, segundo obispo de Costa Rica, en el año de 1885 se erigió la parroquia dedicada a nuestra señora de las Piedades, la cual actualmente es sufragánea de la diócesis de Alajuela, de la provincia eclesiástica de Costa Rica..
Naranjo se fundó como Cantón Sexto de la Provincia de Alajuela por decreto Nº 9 del 09 de marzo de 1886; ese mismo año se estableció la división territorial escolar de la República en la cual el cantón de Naranjo conformó siete distritos escolares, cada uno con su respectiva escuela.
En la administración de don León Cortés Castro (1936-1940), se construyó el edificio de la escuela que actualmente se denomina República de Colombia. El 22 de junio de 1952 se inauguró una escuela Complementaria para la educación secundaria, que laboró en la escuela República de Colombia; cinco años después se constituyó en el colegio de Naranjo. En junio de 1962, se iniciaron las actividades docentes en edificio propio, en terreno adquirido por la municipalidad de Naranjo, en el gobierno de don Otilio Ulate Blanco.
La cañería se inauguró en 1925 y el alumbrado público eléctrico se instaló en 1935, en la segunda y tercera administración de don Ricardo Jiménez Oreamuno, respectivamente.
El origen del nombre del cantón se remonta a 1833 cuando el primer colonizador que llegó a la región, don Judas Tadeo Corrales Saénz, encontró unos naranjales en medio de la espesura del bosque que cubrían el actual poblado Candelaria, en la ciudad de Naranjo; motivo por el cual denominó el sitio como Los Naranjos . En el transcurso del tiempo a este topónimo se le omitió el artículo, y cuando se creó el cantón se le asignó sólo el nombre de Naranjo.
Debido a que las elecciones nacionales de 1886 se habían celebrado en Febrero, la municipalidad no pudo ejercer sus funciones durante ese período, sino que fue hasta el año 1900 cuando en mayo ya pudo contar con sus regidores debidamente nombrados.
En sus inicios la Municipalidad estuvo formada por 3 regidores hasta el año 1949 que pasó a estar integrada por 5 regidores, según la nueva constitución hasta Abril de 1990. De Mayo 1990 en adelante la Municipalidad de Naranjo se integró con 7 regidores hasta Abril del 2002. Desde Mayo del 2002 y hasta la fecha se volvió a integrar con 5 regidores.
La Municipalidad desde sus orígenes en 1900 estuvo formada por tres distritos, además de los territorios de Zarcero y San Carlos que pertenecían a Naranjo.
En el año 1933 el distrito de Cirrí se separó de Grecia y se anexó a Naranjo por gestiones realizadas por los propios vecinos, formando un cuarto distrito para Naranjo.
En el año 1950 por medio de un Plebiscito, el distrito de San Jerónimo se separó de Grecia y se anexó a Naranjo, formando el quinto distrito de Naranjo.
En el año 1970 San Juan y San Antonio que eran parte del distrito primero de Naranjo, se convirtieron en el distrito sexto, además en este mismo año el Rosario se separó de San Miguel y formó el sétimo distrito de Naranjo.
Por lo cual actualmente la Municipalidad de Naranjo tiene a su cargo 7 distritos administrativos y 30 caseríos.
La Municipalidad desde sus inicios tuvo su sede en el terreno ubicado al Este de la Escuela República de Colombia y a partir del año 1950 se trasladó a su actual edificio.
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